Masalah utama yang dibahas dalam skripsi ini adalah bagaimana metode Pendidikan Agama Islam yang terkandung dalam Al-Qur'an surat An-Nahl ayat 125? Skripsi ini menggunakan metode penelitian deskriftif melalui pendekatan kualitatif dengan menggunakan teknik studi litelatur sebagai suatu teknik yang dipergunakan untuk mempelajari buku-buku referensi dan hasil penelitian sejenis sebelumnya yang pernah dilakukan oleh orang lain sesuai dengan masalah yang dikaji. Tujuannya adalah untuk mendapatkan landasan teori mengenai masalah-masalah yang diteliti.
Hasil dari penelitian menunjukan bahwa dalam Al-Qur'an surat An-Nahl ayat 125, Ayat ini dipahami oleh sebagian ulama menjelaskan tiga macam metode dakwah yang harus disesuaikan dengan sasaran dakwah. Terhadap cendekiawan yang memiliki pengetahuan tinggi diperintahkan menyampaikan dakwah dengan hikmah, yakni berdialog dengan kata-kata bijak sesuai dengan tingkat kepandaian mereka. Terhadap kaum awam diperintahkan untuk menerapkan mauizhah, yakni memberi nasihat dan perumpamaan yang menyentuh jiwa sesuai dengan taraf pengetahuan mereka yang sederhana. Sedang, terhadap Ahli Al-Kitab dan penganut agama - agama lain, yang diperintahkan adalah jidal atau perdebatan dengan cara yang terbaik, yaitu dengan logika dan retorika yang halus, lepas dari kekerasan dan umpatan. Dalam konteks surat An-Nahl ayat 125 ini, amatlah wajar kalau para ulama dan mufassir mengkategorikannya sebagai ayat yang erat kaitannya dengan dakwah. Meskipun demikian dalam dunia pendidikan ketiga metode tersebut dapat juga digunakan karena bahwa dalam proses dakwah tersebut dapat juga digunakan karena bahwa dalam proses dakwah dan pendidikan terdapat kesamaan dalam masing-masing komponennya.
Sehingga metode yang menjadi sarana dakwah ini juga dapat diterapkan dalam dunia pendidikan. Kesamaan tersebut yang pertama, yaitu adanya subjek. Dalam konteks dakwah disebut da'i, sedangkan dalam konteks pendidikan disebut pendidik atau guru. Kemudian kedua, adanya objek, dalam perspektif dakwah disebut mad'u, sedangkan dalam perspektif pendidikan disebut peserta didik atau siswa (murid). Kemudian komponen yang ketiga adalah adanya materi, hanya saja materi dakwah lenih terfokus pada ilu agama. Sedangkan materi pendidikan lebih luas dari itu, tidak hanya menyangkut ilmu agama saja, melainkan juga ilmu-ilmu lain. Adapun komponen keempat yaitu adanya tujuan yang hendak dicapai, yaitu perubahan ke arah yang posiif (Perubahan jasmani ataupun rohani) terhadap objek (mad'u atau peserta didik) sasarannya, melalui transformasi ilmu pengetahuan dan nilai-nilai atau ajaran-ajaran yang disampaikan melalui akltifitas dan prosesnya masing-masing. Sehingga objek (mad'u atau peserta didik) tersebut menjadi manusia yang lebih baik dan sempurna serta bertakwa kepada Allah SWT. Jadi ada tiga metode dan pendekatan yang terkandung dalam Al-Qur'an surah An-Nahl ayat 125, yakni metode pengajaran yang baik (hikmah), berdebat atau diskusi dengan cara yang baik (mauzhatul hasanah), dan bantahan yang baik (wajadilhum billati hiya ahsan).